1936年，国立药学专科学校在南京创办后，即酝酿筹建附设实验药厂。
　　　　抗日战争爆发后学校西迁。
1938年12月，经国民政府教育部批准并拨款两万元，在重庆碰器口镇创办。
　　　　定名为国立药学专科学校附设实验药厂。
1946年7月，本厂随校迁返南京。
1957年6月，随校更名为南京药学院实验药厂。
1965年，南京药学院又隶属国家卫生部领导，本厂被批准为部属校办工厂，由药学院代管。
1982年，南京药学院隶属国家医药管理局，本厂成为国家医药管理局所属的校办工厂。
1986年10月，药学院经国家教委批准为中国药科大学。
1987年3月，本厂随校更名为中国药科大学制药厂。
1994年，中国药科大学与深圳原深实业有限公司共同组建中国药科大学制药有限公司，
　　　　注册资本为1000万元。
1994年4月19日，取得企业法人营业执照。
1996年，公司注册资本增至1500万元。
2001年，公司一次性通过6个剂型的GMP认证。
2003年，被江苏省人民政府命名为“重合同、守信用”企业。
2005年，公司注册资本增至1633万元。
2005年12月，公司召开首届技术创新大会。